Titulaire d’un baccalauréat ès arts du séminaire de Saint-Hyacinthe, il obtient en 1974 un doctorat en médecine de l’Université de Sherbrooke. Il se spécialise en radiologie diagnostique à l’Université McGill, tout en recevant un complément de formation en neuroradiologie à l’Institut et Hôpital neurologiques de Montréal. Guy Breton amorce sa carrière universitaire à l’Université de Montréal à la fin des années 70, où il est engagé comme professeur adjoint de clinique au Département de radiologie, radio-oncologie et médecine nucléaire de la Faculté de médecine. Au début des années 80, il enseigne également à l’Hôpital neurologique de Montréal, affilié à l’Université McGill.

Entre 1987 et 1997, Guy Breton préside l’Association des radiologistes du Québec.  En 1998, il devient président de la Canadian Heads of Academic Radiology pour une période de deux ans. De 1983 à 1997, il est président et chef de la direction d’une des plus importantes cliniques de radiologie privées du Québec, où il dirige 15 radiologistes et plus de 20 employés.

S’engageant avec énergie, dès le début des années 80, dans le fonctionnement et dans l’administration de l’Hôpital Saint-Luc, puis du Centre hospitalier de l’Université de Montréal (CHUM), Guy Breton occupera successivement les postes de chef hospitalier du département de radiologie, de directeur de la planification du CHUM et de conseiller spécial du président du conseil d’administration et du directeur général. De 2000 à 2006, il joue un rôle déterminant dans le projet du CHUM à titre de vice-président à la planification des soins, des services, de l’enseignement et de la recherche de la SICHUM et de directeur de la planification du CHUM 2010.

Sa vaste expérience en gestion stratégique et opérationnelle, tant en milieu hospitalier qu’en cabinet privé, permet à Guy Breton de devenir, en 1996, directeur du Département de radiologie, radio-oncologie et médecine nucléaire de l’Université de Montréal.  Nommé en 2003 vice-doyen exécutif aux études médicales postdoctorales et aux affaires hospitalières de la Faculté de médecine de l’UdeM, il participe à la mise sur pied du Réseau universitaire intégré de santé (RUIS) de l’Université de Montréal.

En 2006, Guy Breton est nommé à la haute direction de l’Université de Montréal. À titre de vice-recteur exécutif, il est responsable de l’ensemble des ressources humaines, de l’administration, des finances, des immeubles, des systèmes de technologie de l’information, de la sûreté et des régimes de retraite.

Parallèlement à ses nombreuses charges administratives, Guy Breton s’est assuré de toujours maintenir ses activités d’enseignement, de recherche et de rayonnement, jumelées à ses activités médicales auprès des patients et des étudiants. Il est l’auteur ou le coauteur d’une centaine de publications scientifiques et de plus de 200 communications, et il a participé à une trentaine de projets de recherche en plus de collaborer à la mise au point de plusieurs techniques d’imagerie et d’intervention minimalement effractives.

Outre ses fonctions universitaires, Guy Breton a siégé au conseil de nombreux organismes liés à la santé et à l’enseignement supérieur, dont le CHUM, la Fondation du CHUM, l’Hôpital Maisonneuve-Rosemont, l’Hôpital du Sacré-Cœur de Montréal, l’Association canadienne du personnel administratif universitaire et Québec-Transplant. Il a présidé le Comité des affaires médicales de la Conférence des recteurs et des principaux des universités du Québec. En 2009, la Société canadienne-française de radiologie lui a décerné le Prix Albert-Jutras pour souligner son parcours remarquable dans les milieux hospitalier et universitaire.Lors de son 15e Gala du rayonnement des diplômées et diplômés en 2010, l’Université de Sherbrooke a décerné le titre d’Ambassadeur au Dr. Breton, saluant sa carrière hors du commun de médecin, d’enseignant et d’administrateur au CHUM et à l’Université de Montréal.

Onzième recteur de l’Université de Montréal, Guy Breton est entré en fonction le 1er juin 2010.